Comprobante electrónico del SRI: guía para consultorios

Un comprobante electrónico del SRI significa un documento tributario en formato XML (factura, nota de crédito, comprobante de retención) firmado con tu certificado .p12 y autorizado por el Servicio de Rentas Internas. En un consultorio, cada consulta cobrada genera una factura electrónica que, desde el 1 de enero de 2026, se transmite al SRI el mismo día de la atención y, si salió a "consumidor final", ya no se puede anular.

Actualizado el 28 de septiembre de 2026.

Esta guía no repite qué software elegir ni la diferencia entre IVA 0% y 15% (eso está en qué software médico elegir en Ecuador). Aquí va el mecanismo: qué pasa entre que cobras y el SRI autoriza, qué dicen los 49 dígitos, qué cambió en 2026 y qué retenciones te llegan cuando paga una empresa o una aseguradora. Si quieres ver ese flujo funcionando con tus propios servicios, puedes probar TotalMed en Ecuador.

¿Cómo funciona el esquema offline del SRI?

En el esquema offline, tú emites y entregas primero, y el SRI autoriza después. Es el modelo que rige para todos los emisores electrónicos y se explica en la ficha técnica de comprobantes electrónicos del SRI. El orden es este:

1. Tu sistema arma el XML de la factura con los datos del paciente y los servicios.
2. Lo firma con tu certificado .p12.
3. Le entrega al paciente el RIDE (la representación impresa o en PDF) en el acto.
4. Envía el XML al SRI, que lo recibe, lo valida y lo deja autorizado o lo devuelve con un código de error.

En horario normal la autorización tarda segundos; en cierres de mes o fechas de declaración puede irse a minutos. Lo que conviene saber es que la clave de acceso que generó tu sistema es, a la vez, el número de autorización: el SRI no te asigna otro número.

Por eso el comprobante tiene que salir bien a la primera. En Perú, por ejemplo, la factura pasa por un operador intermedio antes de llegar a la SUNAT (lo explicamos en la guía de SUNAT para clínicas). En Ecuador no hay intermediario: tu sistema habla directo con el SRI, y si el RUC del paciente o el secuencial vienen mal, lo que vuelve es un error.

¿Qué dicen los 49 dígitos de la clave de acceso?

La clave de acceso es un número de 49 dígitos que identifica un comprobante único en todo Ecuador, y cualquiera puede consultarla gratis en el portal de validez de comprobantes del SRI. No es aleatoria: cada bloque tiene un significado fijo.

Los tipos de comprobante que ve un consultorio son pocos: 01 factura, 04 nota de crédito, 05 nota de débito y 07 comprobante de retención (este último no lo emites tú: te lo emite quien te paga). El dígito 24 es el que más sustos da: si tu sistema quedó en ambiente de pruebas después de la configuración, las facturas salen "autorizadas" pero sin validez tributaria.

¿Qué cambió para los comprobantes electrónicos en 2026?

Tres reglas del SRI cambiaron el día a día de la caja desde 2026, por las resoluciones NAC-DGERCGC25-00000014 y NAC-DGERCGC25-00000017, según el resumen del estudio jurídico NMS y de proveedores de facturación:

La tercera es la que más pega en un consultorio, y el error no nace en el contador. Nace en la recepción, a las 18:50, con la sala llena: el paciente paga una consulta de USD 40, dice "póngalo a consumidor final nomás" y a la semana vuelve pidiendo la factura con su cédula para sus gastos personales de salud. Hasta 2025 se anulaba y se volvía a emitir. Hoy esa factura queda como está. La única defensa es preguntar el dato antes de cobrar, y que el sistema lo pida por defecto en vez de ofrecer "consumidor final" como primera opción.

Ojo con el tope: en régimen general, que es donde están los médicos, la factura a consumidor final solo se permite hasta USD 50 con IVA incluido. Una consulta de especialidad o un procedimiento por encima de eso lleva nombre y cédula o RUC sí o sí.

¿Qué retenciones recibe un médico en Ecuador?

Cuando te paga una empresa, una aseguradora o cualquier agente de retención, no te deposita el total: te retiene una parte del impuesto a la renta y, si el servicio lleva IVA, también del IVA. A cambio, te emite un comprobante de retención electrónico (tipo 07) dentro de los 5 días hábiles siguientes a recibir tu factura. Ese comprobante es tu respaldo para restar lo retenido en tu declaración.

Los porcentajes de renta vienen de la Resolución NAC-DGERCGC26-00000009, vigente desde el 1 de marzo de 2026, que mantuvo el 10% para honorarios de personas naturales y bajó a 5% el de sociedades. La retención del 100% del IVA para servicios profesionales de personas naturales con título universitario viene de la Resolución NAC-DGERCGC20-00000061 (Andersen Ecuador la resume con el texto de la norma).

El problema práctico aparece a fin de mes. La aseguradora deposita USD 90 por una factura de USD 100, alguien en caja lo anota como "descuento" y la diferencia desaparece del radar. Esos USD 10 no se perdieron: son un crédito que solo recuperas si tienes el comprobante 07 guardado y cruzado contra la factura. En TotalMed, la conciliación bancaria importa la cartola y la cruza contra lo cobrado, así que el depósito que no calza con su factura queda marcado en vez de cuadrarse a la fuerza.

¿Cómo sale una factura con IVA 0% y 15% a la vez?

Un mismo comprobante del SRI puede llevar ítems con tarifa 0% y 15%, cada uno con su base imponible separada. Si en la misma visita cobras una consulta y una aplicación de toxina sin fin terapéutico, la factura es una sola, pero con dos líneas y dos bases. Para que eso ocurra sin tocar nada a mano, la tarifa tiene que vivir en el catálogo de servicios, no en la memoria de quien cobra.

Lo mismo vale para el resto de la configuración, que se hace una vez:

• RUC activo y emisión electrónica habilitada en SRI en línea.
• Certificado .p12 vigente de una entidad de certificación acreditada (Security Data y el Banco Central del Ecuador son las más conocidas); en archivo cuesta del orden de USD 10 a 30 más IVA por año, según el proveedor.
• Establecimiento y punto de emisión (el 001-001 de la clave) y el secuencial donde quedó tu facturero anterior, si vienes de otro sistema.
• Ambiente en producción, no en pruebas.

En TotalMed subes el .p12 y su clave una sola vez en la configuración fiscal, defines la tarifa de IVA en cada servicio, y desde ahí cada cobro sale con su comprobante al SRI, con la clave de acceso guardada en la ficha del paciente. Antes de cambiarte de sistema, cualquiera sea, revisa nuestro checklist de compra de software clínico: la pregunta de cómo te llevas tus XML y tus secuenciales si un día te vas vale tanto como el precio.

¿Cuántas facturas a consumidor final emitió tu consultorio el mes pasado que el paciente después pidió con cédula? Si la respuesta no es cero, el ajuste no está en el SRI: está en la pantalla de cobro. Puedes ver cómo la resuelve TotalMed Ecuador.

Julianny Ganabela Belandria Dorante

Directora Operativa de TotalMed. Trabaja día a día con clínicas y centros médicos de Latinoamérica para ordenar agenda, fichas y caja, y que el equipo opere sin fricción.