¿Qué software usan las clínicas y consultorios en Perú? Comparativa 2026

En Perú, el software para una clínica o consultorio se elige por tres cosas concretas: si conecta con un OSE para emitir boleta y factura electrónica a la SUNAT, si maneja el RUC de 11 dígitos y el IGV del 18% sin cálculos aparte, y si el precio está en soles o te lo cotizan en dólares. Los mejores software para clínica y consultorio en Perú en 2026 —según lo que cada proveedor publica en su sitio— son SIT-DENTAL, Doctocliq, Medesk, AgendaPro y TotalMed. Ninguno es "el mejor" para todos: hay uno para el consultorio de un profesional y otro para la clínica con varias especialidades y sede propia.

¿Qué tiene que cumplir un software clínico en Perú que no aplica en otros países?

Un software clínico en Perú tiene que resolver la emisión electrónica ante la SUNAT, y eso no es lo mismo que "tener facturación". La SUNAT no recibe tus comprobantes directo del software: los recibe a través de un OSE (Operador de Servicios Electrónicos) o de un PSE (Proveedor de Servicios Electrónicos), que firma el documento y lo envía. Nubefact y FactuSmart son dos de los OSE más usados.

En la práctica, esto es lo que tu software tiene que manejar:

• El RUC. Once dígitos. Empieza en 10 si eres persona natural con negocio y en 20 si operas como persona jurídica (una S.A.C., una clínica constituida). El software debe registrar el RUC del paciente cuando pide factura y dejarlo en blanco cuando pide boleta.
• El IGV del 18%. Se calcula y se desglosa en cada comprobante. Si el software no lo hace solo, lo vas a estar sumando a mano.
• Las series. La boleta de venta electrónica usa una serie que empieza con B (por ejemplo B001) y va a consumidores finales sin RUC. La factura electrónica usa una serie que empieza con F (F001) y se emite a quien tiene RUC y necesita sustentar crédito fiscal.
• La conexión al OSE. Tu software se conecta con tus credenciales SOL y, desde ahí, cada boleta o factura sale firmada y enviada a la SUNAT sin que entres al portal.

Desde 2026, casi toda empresa nueva del Régimen General, RMT o RER queda como emisor electrónico automáticamente desde su inscripción; solo el Nuevo RUS está exento. Si abres una clínica este año, emitir electrónico no es opcional (según la orientación de la SUNAT sobre comprobantes de pago electrónicos).

¿Cuáles son los mejores software para clínica y consultorio en Perú en 2026?

Estos son los cinco nombres que más aparecen cuando un consultorio o una clínica en Perú busca sistema, con lo que cada uno declara en su propio sitio a septiembre de 2026.

Los planes de TotalMed para Perú se muestran en dólares con su referencia en soles al tipo de cambio; los demás valores son los que cada proveedor publica en su web.

SIT-DENTAL: el más peruano de la lista

SIT-DENTAL es un software odontológico desarrollado en Lima (RUC 20612036498), y su facturación electrónica funciona con un PSE certificado por la SUNAT. Publica cinco planes en soles: uno gratuito para un doctor con hasta 20 pacientes, uno Minimal de S/ 35 con pacientes ilimitados, y de ahí Starter (S/ 299, con emisión SUNAT y control de laboratorio), Professional (S/ 599, hasta tres doctores y app móvil) y Enterprise (S/ 1.130 o más, multisede y usuarios ilimitados). Trae odontograma con simbología FDI, historia clínica digital, portal del paciente y más de 40 reportes de productividad y rentabilidad.

Si tu consultorio es dental y quieres pagar en soles con un proveedor que atiende en tu zona horaria, es la opción más directa. Si atiendes varias especialidades bajo el mismo techo, revisa si sus plantillas dan para eso antes de decidir.

Doctocliq: regional, con plan gratis y estética facial

Doctocliq es un software clínico que opera en Perú, México, Colombia y Ecuador, con un plan gratis para hasta 30 pacientes al mes y planes pagados de USD 19, USD 29 y USD 49 mensuales. Su facturación electrónica está habilitada para Perú, así que puedes emitir a la SUNAT desde el sistema. Trae odontograma, periodontograma y, en el plan de USD 49, un módulo de estética facial con seguimiento fotográfico.

El precio en dólares es algo a considerar si tu caja es en soles: el tipo de cambio mueve tu costo mes a mes. A cambio, el plan gratis es real y sirve para probar con pacientes de verdad antes de pagar.

Medesk: multiespecialidad y telemedicina

Medesk es un software médico en la nube para clínicas y consultorios de la región, con más de 24 plantillas por especialidad y cumplimiento de la Ley de Protección de Datos Personales del Perú. El plan de entrada —unos S/ 55 al mes, o USD 10 en su tarifa regional— incluye 100 consultas mensuales, historia clínica personalizable, agenda sincronizada con Google Calendar, telemedicina propia y analítica de marketing y productividad.

Sirve si atiendes varias especialidades y necesitas reportería de gestión, no solo agenda. El tope de consultas del plan mini es la primera restricción que vas a encontrar al crecer.

AgendaPro: agenda y marketing, precio bajo cotización

AgendaPro es una plataforma regional de agenda, marketing y recordatorios que opera en varios países, Perú incluido. No publica precios: se cotiza con un asesor, y las referencias de mercado lo ubican desde unos USD 35 al mes. Su fuerte es la captación y la reserva online; la ficha clínica y la parte tributaria pesan menos en su propuesta.

TotalMed: para la clínica peruana que quiere historia, SUNAT y finanzas en un solo sistema

Elige TotalMed si tu clínica o consultorio en Perú necesita historia clínica con fotos pre y post, paquetes de sesiones, finanzas en soles y emisión a la SUNAT en la misma plataforma, sin saltar entre sistemas. TotalMed queda listo para conectar con tu OSE —Nubefact o FactuSmart— y emitir boletas (serie B) y facturas (serie F) con tus credenciales SOL: el OSE firma y envía a la SUNAT, y te devuelve el PDF. Los planes para Perú van de USD 22 a USD 185 al mes, con la referencia en soles a la vista en la página.

Lo que lo distingue de una agenda con ficha: trae conciliación bancaria (cruza el extracto del banco contra lo que cobraste), estado de resultados para ver qué deja cada mes, control de inventario con lotes y vencimientos, y análisis facial preoperatorio —medición sobre foto de tercios y quintos faciales, ángulo nasolabial y comparación con el control posterior—, que es medición documental, no un diagnóstico. Puedes ver las funciones y los planes de Perú en el sitio.

¿Dónde no es la mejor opción? Si haces ortodoncia o implantología con escáner intraoral y archivos STL, un software dental especializado te va a dar herramientas de laboratorio digital que TotalMed no tiene. Su fuerte es ordenar la operación y la caja, no el flujo 3D.

¿Qué software conviene según el tipo de clínica?

No hay un ganador único; hay un mejor para cada caso:

• Consultorio odontológico de uno o dos profesionales, pago en soles: SIT-DENTAL. Es peruano, publica precio en soles y emite a la SUNAT vía PSE desde el plan Starter.
• Profesional que recién empieza y quiere probar sin pagar: el plan gratis de Doctocliq (30 pacientes) o el gratuito de SIT-DENTAL (20 pacientes).
• Clínica multiespecialidad que necesita historia con fotos, paquetes de sesiones, finanzas en soles y SUNAT en un solo lugar: TotalMed. Está armado para ese caso: conciliación bancaria, estado de resultados, inventario con lotes y emisión vía OSE integrada.
• Consulta médica general con foco en telemedicina y reportería: Medesk.
• Centro que prioriza captación y reserva online por sobre la ficha: AgendaPro.

¿Cómo elegir en una semana?

Empieza por lo tributario, no por las funciones. Antes de mirar la agenda o el odontograma, confirma con cada proveedor: ¿emite boleta y factura electrónica a la SUNAT desde el sistema?, ¿con qué OSE o PSE trabaja?, ¿el precio es en soles o en dólares? Un "sí, tiene facturación" no basta: pregunta si el envío a la SUNAT es automático o si tú tienes que subir el archivo.

Después, prueba los que tienen plan gratis o demo. Carga tres pacientes reales, emite una boleta y una factura de verdad, y arma un presupuesto. Si a los 20 minutos no lo lograste solo, tu recepción tampoco. Y compara a 12 meses, no a un mes: el plan en dólares con implementación aparte puede salir más caro que el plan en soles con todo incluido.

Si además de Perú operas o piensas operar en otro país de la región, revisa que el software maneje el organismo fiscal de cada uno —no todos lo hacen— y no solo el de su país de origen.

Para ver cómo se ve una historia clínica con fotos pre/post y la emisión a la SUNAT en el mismo flujo, revisa la página de TotalMed para Perú. Para entender qué debe tener una ficha clínica digital en cualquier país, está la guía de ficha clínica digital, y si te interesa el lado del paciente, qué es y para qué sirve un portal del paciente.

Este contenido es informativo. Confirma los requisitos vigentes de emisión electrónica directamente con la SUNAT antes de contratar.

Ruben David Cedeño Abreu

Director Comercial de TotalMed. Acompaña a clínicas y centros médicos de Latinoamérica a digitalizar su operación y crecer sin perder el control de sus números.